屠狮大会后傲七爷，周辞去峨眉派掌门之位，漂泊江湖。她对张无忌并未忘情，因此忍不住去见了他一面，但也仅止于此。
不久后，周芷若受黄衫女之邀，加入古墓派，修炼《九阴真经》等绝学，十年间武功突飞猛进。此后游侠江湖，惩恶扬善，在世间留下不少传说。
周芷若晚年路过恒山，见其叠嶂拔峙，气势雄伟，心有所感，创制出一套剑法，并传给了一位叫做林晓风的女子。，林晓风后以此剑法创立恒山剑派，在武林中独树一帜。
归去屠狮大会上，周芷若趁着张无忌被三渡缠住，准备以“九阴白骨爪”杀死谢逊，以保自己在灵蛇岛上的所为不被曝光。当时，周芷若的右手已距谢逊头顶很近，韦一笑轻功天下无双，也认为自己无法及时救下谢逊。所幸黄衫女突然出现，以正宗的“九阴白骨爪”，瞬间破去周芷若的速成版，救下谢逊，也阻止了周芷若犯下大错。
不久后，张无忌等人发现了倚天剑和屠龙刀中的秘密，“死了”的殷离也突然出现，周芷若惊惧之余，也放下了心头大石，向张无忌坦白了一切。数后，周芷若将峨眉掌门之位传予静玄，一人一剑，飘然下山，准备就此漂泊江湖，四海为家。
然而，周芷若还是想见张无忌最后一面。下了峨眉之后，她四处打听寻找，终于在濠州城外的一所民居里，发现了张无忌和赵敏的身影。此前在少室山，周芷若已知张无忌最爱的人终是赵敏，此时见两人琴瑟和谐，倚窗画眉，心中仍不免泛起几分酸楚。于是，周芷若笑言张无忌也曾答应过自己一件事情，这时却想不到，若是哪日张无忌和赵敏成亲，自己可能便想到了。
张无忌闻言神色复杂，不觉将手中的笔掉在桌上，不知是喜是忧。周芷若见张无忌如此形状，知道他心中毕竟还有着自己的位置，不禁眼窝一热，几欲掉下泪来。她转过头，说刚才说的是玩笑话，祝无忌哥哥和赵敏白头到老，永结同心。说完便头也不回的跑了，唯恐自己多待一刻，就再也不忍心离去。
黄衫1359年三月，陈友谅率军攻破衢州，周芷若恰巧经过这里。她想起陈友谅人品卑劣，此时虽率义军与蒙元对抗，但如果真让他做了皇帝，绝非百姓之福，于是便想找机会将其刺杀。这一夜月暗星朗，周芷若在客房中换上一身夜行衣，正准备潜入陈友谅军中，行那刺杀之举，忽然听到一阵悠扬的琴箫之声。这乐音她被囚丐帮时听到过，在屠狮大会上也听到过，显然是黄衫女到了。
周芷若知道黄衫女是为自己而来，躲避无用，便从容来到庭院之中，与黄衫女相见。黄衫女一见周芷若，便开门见山地说，她这次来两件事，一是请周芷若放弃刺杀陈友谅，二是请周芷若加入古墓派。周芷若闻言不禁愣住了，因为她一直认为，黄衫女因为她曾想杀谢逊灭口一事，对她十分不满，没想到这次一见面，便向自己抛出了橄榄枝。
黄衫女不管周芷若心中是如何想法，仍是自顾自地说，不让周芷若刺杀陈友谅，一是因为以周芷若的本事，根本杀不了陈友谅，反而会自投罗网；二是陈友谅现在攻城略地，与蒙元作对，对反元大计很有好处。黄衫女告诉周芷若:她知道周芷若心中的顾虑，但陈友谅虽有一定的军事才能，但生性多疑，不能用可用之人，最后不可能当上皇帝，而只能为真正的皇帝铺路。
周芷若想刺杀陈友谅，只不过是一时兴起，如今听了黄衫女的劝告，很快打消了这个念头，心中更在意的是黄衫女说的第二件事，便开口说道，陈友谅可杀可不杀，无关紧要，只是周芷若何德何能，能得姐姐这样的高人青眼相看？黄衫女笑道，周姑娘又何必妄自菲薄，你十岁加入峨眉，已经错过了最佳的练武时间，但你仍能七八年的时间已经得了灭绝师太三四分真传，连“峨眉九阳功”也学了去，后来更是以掌门之位相传，足见你的资质是上上之选。只是灭绝师太心胸狭窄，格局太小，耽误了你这个好苗子。
周芷若闻言变色道，师父待芷若如亲生父母一般，况且已经身故，还请姐姐慎言。黄衫女笑道，你能这样维护自己的师父，姐姐很是欣慰。但我且问你，灭绝师太临终传位之时，可曾告知你郭襄女侠的遗命？见周芷若沉默不语，便接着说道，郭襄女侠遗命，只在峨眉掌门之间以口相传，但姐姐也略知一二。那就是倚天剑和屠龙刀中藏有“九阴真经”秘笈和“武穆遗书”，请峨眉掌门等到时机成熟，取出秘笈和兵书，交给一位众望所归的英雄，号令天下豪杰，驱逐蒙元，恢复汉人天下。
黄衫女说，风陵师太传位给灭绝师太时，自然将这一番遗命反复嘱咐，但灭绝师太一生所为，却总是与这遗命背道而驰。比如，灭绝一生视明教为生死大敌，但明教不过是行事诡秘，兼之因为教众多了，难免有些恶徒罢了。灭绝师太与明教杨逍、谢逊等人人有些私人恩怨，却与整个明教为敌，对明教在各地起事，反抗蒙元暴政的义举视而不见。后来，她更是中了成昆的挑拨离间之计，带领峨眉和少林、武当等五大派一起杀上光明顶。若非张无忌横空出世，力挫六大派，明教已经灰飞烟灭，又何来当下如火如荼的义军呢？
听黄衫女这样说，周芷若本能地想反驳她，细想黄衫女说的句句在理，根本不知道该如何辩驳。只听黄衫女继续说道，武学之道，不仅在于个人的资质和武功秘笈，心胸和格局也同样重要，你师父灭绝师太，坐拥峨眉“四象掌”、“九阳功”等绝学，成就不过尔尔，原因就在于此。不过，心胸和格局也是可以培养的，姐姐如今请你加入古墓派，便是有心培养你一番，免得耽误了你这块良才美玉。
周芷若见黄衫女言辞恳切，便有了几分心动，只是忽然想起她说起峨眉秘辛，如数家珍。在江湖中两次露面，也都是在极为关键的时刻。心中不免有几分好奇，便将心中的疑问说了。黄衫女闻言微微一笑，说我若把这个大秘密说给妹妹听了，妹妹就必须加入我古墓了，否则姐姐我只好杀人灭口了。周芷若知她在开玩笑，便继续催促她说下去。结果黄衫女说出一番话来，把周芷若惊得目瞪口呆。
黄衫女告诉周芷若，自己叫杨瑶琴，是古墓派的传人，当年的神雕大侠杨过和小龙女是她的祖父母。当年襄阳失陷，杨过听到消息晚了，没能及时赶过去营救郭靖、黄蓉等人，深以为憾。于是，他决心创建一个覆盖全国的情报网，能够及时传递消息。这个消息网经历三十年时间，到了黄衫女的父亲手中才真正完成，后来由黄衫女继承下来，这就是黄衫女能够为丐帮拨乱反正，后来又及时救下谢逊的原因。
黄衫女最后说，如今天下义军形势喜人，将蒙古人赶回大漠是早晚的事，但恢复了汉人天下之后，仍旧有很多事可以做，希望周芷若可以助她一臂之力。作为回报，古墓派的各种神功绝学，周芷若无论想学什么，她都有求必应。周芷若想到自己孤身一人，也没有事情可做，便答应了黄衫女的请求。
传说此后，周芷若一边在古墓勤修武功，一边帮着黄衫女处理情报网事宜，并根据情况决定是否要出手。
古墓派武功博大精深，但黄衫女首先给周芷若修炼的，却是王重阳留下的部分“九阴真经”。周芷若本有些“九阳功”根底，但修炼了倚天剑中的速成版“九阴真经”后，“九阳功”已被全部化去，只剩下速成的九阴真气。如今周芷若再练原本的“九阴真经”，自然比从头练快上许多，七年时间已然大成。此后三年，周芷若还练了古墓派的“捕雀功”、“天罗地网势”和“美女拳法”等武功，由于她有“九阴真经”为基，练起这些武功来，几乎都是一学就会，一会就精。
十年中，周芷若不但武功大进，成为超一流高手，还因日日跟着黄衫女，学她为人处世，心胸渐渐宽广起来，不再纠结于一时的得失荣辱，并在不断的救危济困、惩恶扬善中找到了乐趣。
1361年夏，关中大旱，饿殍遍野，朝廷派官员带着粮食前去赈灾，周芷若也早早得到消息，组织江南一批富户捐粮捐物。赈灾粮到了渭南后，知府见朝廷的粮食加上民间捐赠的粮食，已超过当地灾民所需，便和朝廷的两位官员商量，贪墨掉一部分粮食，三人平分。结果他们三个当夜便都被人打晕过去，无声无息的拔掉了两颗门牙。
等他们疼得醒过来，看到枕边有一封手书，上面写着十六个字:妄动贪念，略施小戒。真敢伸手，满口无齿（无耻）。不消说，这正是周芷若的手笔。却说三人大惊，从此再不敢动一分赈灾钱粮。后来，三人还因为赈灾有力，被灾民赠送“万民书”，并受到了朝廷的嘉奖，升官进爵，倒是因祸得福了。
1381年，工部尚书薛祥被人连累，受杖刑而死。薛祥生前做了不少为国为民的好事，因此他一死，天下很多人都非常伤心。但也有一些人拍手称快，并想赶尽杀绝，趁着薛祥的四个儿子被流放琼州的机会，收买亡命之徒进行刺杀，想让薛祥一家绝后。周芷若从情报网得知这个消息后，一路暗中护送薛祥的四个儿子，并击杀“雁荡七寇”、“横断五虎”等二十七名贼人，保护薛祥四子平安抵挡琼州。后薛家在琼州繁衍生息，成了真正的琼州人。
此时，周芷若的武功已早早超越了宋远桥、俞莲舟等人，放眼武林，只在张三丰、张无忌、杨瑶琴等寥寥数人之下。
数年后，周芷若北游恒山，见其叠嶂拔峙，气势雄伟，绵延数百里，心中忽有所感，竟由此创制出一套剑法。这套剑法绵密严谨，长于守御，但又会在出其不意之处突出杀招，最适宜女子修炼。不久后，周芷若将这套剑法传给了一个叫林晓风的少女。
后来，林晓风在恒山出家，并凭借周芷若传的剑法开宗立派，自称“晓风师太”。晓风师太收徒先看品性，再看资质，因此她建立的“恒山剑派”，历代掌门无一不是正直之士，成了武林中的一股清流。
“恒山剑派”名扬江湖之时，周芷若以去世数年，但她如果知道自己无意中造就了一个这样的门派，定然会十分欣慰。