表面上是赵高乱权导致的秦二世而亡灭亡的，但实际上赵高乱权这种现象在后来不少朝代中都有所体现，也并不必然导致王朝的终结。也就是说，如果一定要去归因，秦朝灭亡并不完全因为赵高，而是内在结构问题。
所谓内在结构问题，其实还是指的是战国时期，秦国与关东六国除了吞并与反吞并的关系外还有关东六国文化上同秦国的差异。而这种差异导致秦朝建立后，关东依然存在很多意图推翻秦朝政权的人士。
显然，秦始皇意识到这个问题，他也采取了一些措施，比如收天下兵器，比如派重兵把守，比如采取郡县制管理。这些措施有一定效果，但说实在话，不够，也太严苛。要么就做到极致，要么就怀柔，秦始皇反其道而行之，在其临死时，其实秦朝没有办法了。
有人说扶苏性宽厚，有他继位的话，可能会避免秦朝二世而亡。这有一点后见之明，但显然即使扶苏，也避免不了类似的结局。因为，扶苏上位的时候，已经来不及了。
秦朝被主要的原因是什么？
在公元前221年至公元前207年期间，中国第一个大一统封建王朝秦朝，就屹立其中，这一期间，秦朝废除分封制度，郡县制大行其道；在秦朝的疆域内，全部实行书同文、车同轨、统一度量衡。
同时，秦军北击匈奴，南征百越，构筑长城拒外敌，开凿灵渠以通水系。大一统封建王朝集权制度的建立，基本奠定了我国2000多年的政治制度格局，秦朝彻底结束了从春秋战国以来五百年诸侯大分裂大割据的纷乱局面，秦朝，真正意义上属于中我国历史上第一个多民族共融的中央集权国家。
后世史家基本都承认，秦朝是一个生机勃发的封建王朝，那么，“秦朝被消灭主要的原因是什么？”
首先，相对于六国政治、军事、经济、文化等诸领域的势力来说，秦朝势力犹如烈火，它破坏力强，攻击力猛烈，疾风暴雨一般的毁掉了六国的一切上层建筑的原有构建，其中，对于施行于六国当中的分封制度就全盘否定，代之以秦朝境内的全部郡县制推行。
郡县制度取代封建制度，这从某种程度上来说，是一种大的革命性变革，但是，诸侯分封制度从西周时期开始，一直到战国时期，有着它巨大的历史惯性，如同一辆行驶的蒸汽机列车，刹车之后，尚且有强大的惯性。在当时很多人的心目中，对于诸侯分封制度，依然是有留恋之情。
就在秦朝已经建立的时候，丞相王绾还建议秦始皇，在原来燕国、齐国、楚国这三个地方施行分封制度，把皇室人员和功臣分封到这些地方，起到藩篱中央王朝的作用。
而其它被秦始皇灭国的六国贵族们更是盼着天下能够重新成为分封诸侯的天下。
即便是在遭遇这种强烈的政治诉求情况之下，秦始皇与李斯都坚持不让步，坚定地施行郡县制度，完全否定分封制度在秦朝疆域内再度施行的可能性，在此，很多人衔恨于新政治制度，与秦朝统治者开始离心离德。
之后，秦朝如火如荼的政治举措使被统治者几乎喘不上气来。在秦朝，农民们在不断地服劳役，交赋税、修长城，建秦直道，造始皇陵等，不得休憩。商人阶层属于被抑制阶层，被抑制者怎么会拥护当政者？再有，六国的贵族被强行迁移到咸阳，人数达到了12万人之多，秦始皇的本意是想让这些人为繁荣秦朝经济起一些作用，可是，这些六国贵族最大的心愿是搞复国，慢慢的等待机会的到来，这些人更不可能与秦始皇契合。
为了能使社会各阶层服从于秦王朝的大一统意志，自然就会随之出台严刑峻法，这些森严的法度之下，社会是有极高的效率，但是，压迫大，抵触的力量也随之更大。
第三个原因；那就是秦军主力分布的极其不合理，导致一旦咸阳有事，四方不及相救。
秦始皇六国初平，即以30万秦军北出攻击匈奴，对于平而复叛的百越，则以50万秦军派出弹压。这些秦军，很多都是关中一带的主力秦军，仅仅这两处派遣军，就耗掉主力秦军80万人。
国都咸阳只剩下一些卫戍兵力，正因为这样，对于后来的陈胜吴广揭竿而起，都不能及时扑灭，对于直扑咸阳而来的各路军兵，秦将章邯只能把刑徒组织起来去迎敌，足见对于秦军的不合理使用到了什么程度?
最后一个原因；储君的设立始终不明朗，以至于被人趁机作祟。秦始皇烈烈轰轰一生，但是，对于自己的继承人问题始终未曾规范化。
所以，他一死，胡亥就不明不白的上位，甚至由此迫死扶苏，逼死蒙恬。胡亥到是想继续秦始皇的法度行事，可是，秦始皇以死，胡亥执行秦政法，就不灵了，社会矛盾纷纷激化，四处揭竿而起，六国余孽仿佛一夜间就成了气候，大秦朝就这样疾速的陨灭。