1944年2月18日，希特勒对纳粹情报机构进行改组，先是下令撤销军事谍报局的建制，将 其与中央保安局合并组成了一个名为军队局的新机构，则被调往最高统帅部参谋部任 商业和经济作战局局长大阿卡纳。因为军情局与党卫队的激烈内讧和卡纳里斯的下属汉斯处长谋杀希特 勒行动的败露，卡纳里斯被迫下台，下台之后的他遭到牵连被捕入狱，最后于1945年4月9日 在德国南部巴伐利亚外夫罗森堡监狱被处决。
这也是目前被认为他被判死刑最为可能的罪名。
后来又有许多关于他的猜测，有的观点认为他其实是“黑色乐队”（德国地下反希特勒组 织）的实际组织者。有的观点认为他后来变成了盟军的朋友，他在后期的军事情报局工作中 表现并不理想，“马丁少校”事件中的表现就让人质疑。
史学家认为，他的一生中分为前期和 后期两个阶段，而这两个阶段就好像是由浮士德向哈姆雷特的转变。卡纳里斯的间谍才华在 他投身纳粹时得到了充分展示，而后来的表现则没有那样夺目。而这，就是这位纳粹谍王跌 宕起伏、充满曲折和戏剧性的一生。
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