由于咬合面并非光滑平整，而是有许多发育上自然形成的凹洞与沟隙，不管乳牙还是恒牙，其凹痕越深陷，越容易有食物残渣与牙菌斑的滞留，当吃完碳水化合物或甜食，再加上口腔细菌，很快会形成酸性环境，造成往下延伸牙的结构。虽然珐琅质是牙齿的防卫机制，但在这些窝沟处是珐琅质最薄弱之处，一旦往下蛀蚀，就如同火山口，上面看起来以为是个小蛀洞，往下一探却是个大洞，再不注意就侵犯到神经。
口腔中依赖葡聚糖生存的细菌会在消化葡聚糖后分泌出一些酸性物质，附着在牙齿表面。牙齿的主要成分是羟基磷酸钙，一般情况下是非常牢固的，但如果遇到了细菌分泌的酸性物质，它们之间就会发生反应，牙齿的成分就会更多地溶解在水中被带走。长期以往，细菌附着的那部分牙齿表面就被腐蚀地越来越深，形成一个小黑洞，看起来就像是被虫子钻出了一个洞。
每个人的唾液清洁能力、牙齿硬度以及窝沟深度都不一样，容易患蛀牙的人要比其他人更注意口腔的健康问题。有蛀牙的迹象一定要早日看医生，拖得越久造成的问题越严重。
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